Il existait un monstre nommé Kyuubi (le démon-renard à neuf queues). Ses queues pouvaient d'un seul coup, provoquer un tsunami ou déplacer des montagnes... Des hommes décidèrent de réunir une troupe de ninja afin de se débarasser du Kyuubi. Grâce à la bravoure de l'un, la bête fut neutralisée mais il mourut par son acte... Ce valeureux ninja était le 4ème Hokage ... Cet hokage scellera le monstre dans le corps d'un bébé, Naruto, mais celui-ci sera repoussé par les habitants de son village.
Depuis le moment où le Kyuubi a été scellé dans son corps, Naruto a bien grandi: il n'arrête pas de faire des bêtises pour se faire apprécier des autres, mais le jour de son examen pour devenir genin , il n'arrive pas à réussir le test qui est de faire un clône, mais il sauvera son tuteur et "maître" Iruka, d'un ninja peu recommandable, ce qui lui vaudra d'avoir mérité le bandeau de Konoha , donné à tout ceux qui réussissent l'épreuve. Naruto ne rêve que d'une seule chose: devenir Hokage pour être reconnu aux yeux de tous.
Après ce test, on forme les équipes: trois genins avec pour "chef", un jounin , ainsi Naruto tombera avec Sakura (qu'il apprécie énormément!) et Sasuke (qui deviendra son ami et son rival!), et aura pour Jounin Kakashi, un ninja très doué pour... Les retards!